La reliquia del Santo Lignum Crucis llega a nuestra Hermandad en la cuaresma del año 2004, siendo Hermano Mayor D. Diego Rastrollo Gómez. La misma es donada por D. Antonio Manuel Alías de la Torre, que la había recibido de D. Manuel Fraga Gómez (q.e.p.d). Tras su presentación al Rvdo. P. Juan Piña Batista (q.e.p.d), se venera por primera vez en esa misma cuaresma de 2004, siendo colocado con un broche en el pecho de nuestra Madre del Mayor Dolor, llegando a procesionar en tal ubicación.
En la Semana Santa del 2005 procesiona en el frontal del paso, ubicado en un relicario de orfebrería plateada en el monte calvario. Ya en septiembre de 2005 preside por vez primera la festividad de la Cruz entronizada en el altar mayor de la Capilla entre cera de color verde (la primera vez que la Hermandad la utilizó). En el año 2006 y siendo Hermano Mayor D. Enrique Garcés Quijano, estrena un relicario en caoba y plata dorada obra del tallista isleño D. Juan Carlos García Díaz.
En la jornada del miércoles Santo iría portado por primera vez en las manos veladas de un hermano, escoltada por cuatro faroles. En el año 2007 estrena para la procesión un paño de hombros o humeral en damasco burdeos con una cartela bordada en oro fino representando el triunfo de la Santa Cruz, por el bordador isleño D. José Muñoz Moreno.
El año 2008 se regulariza el uso de cera verde en la Hermandad en cultos internos y externos. La suspensión de la salida de ese año por motivos de lluvia propició un traslado en silencio de los hermanos a la Parroquia del Santo Cristo para realizar un vía crucis cerrando el cortejo la reliquia del Santo Leño. Entre 2008 y 2017 (durante las obras de restauración de la Capilla) el Santo Lignum Crucis presidirá junto a los Titulares un altar en la Parroquia del Santo Cristo.
En el año 2012 y siendo Hermano Mayor D. Rafael Valverde Roldán, presidirá la eucaristía del pleno de Hermanos Mayores de la confraternidad de Hermandades de la Vera†Cruz. En el año 2013 y bajo el mandato de D. Mariano Domínguez Morillo, las Hermandades de San Fernando peregrinaron a la Santa Iglesia Catedral de Cádiz, con motivo del año de la Fe. La reliquia cerró el cortejo de dicha peregrinación de las hermandades permaneciendo colocada en el presbiterio durante toda la Eucaristía.
En mayo del año 2014 recibe al Excmo. y Rvdmo. Sr. Cardenal Carlos Amigo Vallejo, Arzobispo emérito de Sevilla antes de presidir la función conmemorativa del LXXV aniversario fundacional de la Hermandad de los Afligidos.
En el año 2017 participa en el Vía†Crucis de hermandades y Cofradías de la ciudad abriendo el cortejo de hermanos que acompañó al Santísimo Cristo de la Vera†Cruz hacia la Iglesia Mayor Parroquial. Lo hacía en una parihuela de madera pintada y dorada, estrenando también un nuevo relicario de mayores dimensiones realizado por N.H.D Mario Bueno Castelló, en madera con apliques dorados y atributos de la pasión. Ya en el interior del templo sería la Cruz que recorrió las 14 estaciones.
Desde el año 2018 procesiona en la jornada del miércoles Santo portada por 6 acólitos vestidos de sobrepelliz, precedidos de turiferarios vestidos de rojo y tras él, palio de respeto en color burdeos con flequería de canutillo de oro confeccionado por N.H.Dña. Concepción Castellano Ruíz. En cuanto a su ubicación actual, desde el año 2019 permanece en un altar propio en el lado del Evangelio de nuestra Capilla.
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